.hack//Legend of the Twilight, cuyo manga editó en España Norma Editorial, está disponible en Viewster con doblaje inglés y subtítulos en inglés, francés, alemán y holandés. Consta de 12 capítulos.
Situado cuatro años después de los sucesos del juego .hack//Quarantine, en el MMORPG ficticio llamado The World, nada se sabe de los legendarios .Hackers Kite y BlackRose, sólo que la compañía CC Corp. prohibió el uso de sus avatares luego de los incidentes del juego. Esto es así hasta que se decide organizar un concurso para dar la oportunidad de volver a usarlos. La serie sigue a los gemelos Shugo y Rena después de ganar el concurso, a Rena se le entregan los dos avatares e invita a su hermano Shugo a jugar. Después de un extraño suceso en el que son atacados por un monstruo que no debería de estar en un stage tan bajo como en el que se encontraban, Shugo muere, pero no pierde el juego, sino que queda en una especie de limpo donde se encuentra con una misteriosa AI llamada Aura que le entrega el brazalete del Crepúsculo para continuar con la leyenda de los .Hackers.1
En el camino, Shugo y Rena conocen a Mireille, una cazadora de artículos raros, a la feroz Ouka y Hotaru, una chica tranquila. A la espera de un evento, se encuentran con una chica extraña llamada Zefie, quien atrajo a Shugo porque cree que el brazalete huele a su madre, Aura. Más tarde se da cuenta de que Zefie es una AI, que actúa de forma independiente fuera de los parámetros del juego. La presencia de Zefie los complica mucho, incluyendo a los Caballeros de Cobalto, un grupo de administradores que siguen la regla «Si usted no puede controlar, las puede eliminar» a un extremo.