«¿Cómo solventar el rápido desenlace que ha tenido Mär?» fue probablemente la pregunta que debieron plantearse los editores de la editorial Shogakukan a mediados de 2006 cuando Nobuyuki Anzai dio carpetazo a una obra que podía haber dado mucho juego por su argumento, quedando concluida en quince volúmenes. Una de las mejores soluciones era (aprovechando el tirón del anime de Mär que seguía emitiéndose en Japón por entonces) crear una secuela, con lo que en las siguientes semanas una nueva obra llamada Mär Omega ocupó el hueco dejado en la revista Shonen Sunday por su predecesora, en la que Anzai se encargaba de supervisar el manga mientras que uno de sus asistentes, Koichiro Hoshino, tenía más protagonismo al ser el dibujante de este título.
La historia de Mär Omega transcurre seis años después de que tuviera lugar el torneo de ajedrez, en un mundo donde Ginta y Babbo son proclamados héroes. Precisamente este último, el único ärm con vida propia, será el protagonista de esta obra tras conocer a un muchacho llamado Kai, siendo ambos víctimas de los ärms falsos que son utilizados en el mundo de Mär. Ahí no terminan los problemas: el origen de estos percances se remontan a 300 años atrás, en la que Babbo tendrá que recordar lo que sucedió realmente para poder enfrentarse a los nuevos enemigos que impedirán que su mundo sea un lugar en el que reine la tranquilidad.
El final de esta obra también viene cargado de polémica, ya que finalizó casi a la vez que otra secuela (La ley de Ueki Plus) en la misma revista, llegando a tener Mär Omega un total de 4 tomos que podemos disfrutar en España gracias a Editorial Ivrea desde el XIII Salón del manga de Barcelona. Sin ninguna duda, esta obra mantiene el entretenimiento de la primera parte a pesar del estilo de dibujo de Koshino, con el que el lector ha de acostumbrarse a la nueva estética de Alviss y Dorothy, entre otros personajes.