Cave Story fue un juego creado originariamente para ser jugado en navegadores, pero posteriormente fue portado a DSiWare y WiiWare. Ahora con la cercana salida de Nintendo 3DS, Daisuke Amaya (creador de Cave Story) ha anunciado que están realizando una adaptación de Cave Story para la nueva portatil de Nintendo.
Esta nueva adaptación incluirá varios cambios. En primer lugar, esta será su primera versión en formato físico, que será distribuida por Nipon Ichi Software. Además todos los escenarios del juego pasarán de ser en 2D a ser en 3D, aunque la jugabilidad seguirá siendo en 2D. Además, los escenarios también cambiarán en su decoración, y se mejorará el diseño de los personajes. Cabe destacar que el juego también será más largo e incluirá diversos secretos.