Al contrario de lo que cabría pensar, Shin Mazinger Z, no es un remake de la historia original de los 70 sino un nuevo comienzo para el robot aunque sigue contando con los mismos personajes.
La Energía Photon, procedente de un nuevo mineral llamado Japanium, puede solucionar la crisis energética que planea sobre el planeta Tierra según los estudios del Dr. Juzo Kabuto y sus asociados. Pero como todo, la Energía Photon también puede ser utilizada para hacer el mal, es por ello que el Dr. Infierno y el Barón Ashura deciden atacar los laboratorios y hacerse con los conocimientos de esta nueva energía. Para protegerla el Dr. Kabuto le da a su nieto Koji los mandos del robot Mazinger.
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